Diese Kirche wurde im 7. Jahrhundert unter Verwendung der Überreste antiker Gebäude aus der Kaiserzeit errichtet. Sie erhielt ihren Namen von der Straße Via Flaminia, an der sie sich befindet, und deren ersten städtischen Abschnitt sie bildet.
Durch umfangreiche Renovierungsarbeiten im Heiligen Jahr 1650 wurde die Kirche vollständig umgestaltet und erhielt ihr heutiges barockes Aussehen.
Der Überlieferung zufolge wurde der Heilige Paulus an diesem Ort gefangen gehalten, denn noch heute befinden sich im unterirdischen Teil eine Säule, an die er angeblich gefesselt war, und ein Brunnen, aus dem aufgrund der Gebete des Heiligen eine Quelle entsprungen sein soll.