Die Kirche wurde im 16. Jahrhundert dank der Mittel der Compagnia dell'Orazione e della Morte (Gesellschaft des Gebets und des Todes) erbaut. Diese stellte ihr auch einen großen Friedhof für die christliche Bestattung von anonym abgelegten Leichen zur Verfügung. Denn zur Zeit der Gründung dieser Bruderschaft gab es noch keinen öffentlichen Dienst, der denjenigen, die es sich nicht leisten konnten, eine würdige Bestattung ermöglicht hätte.
Der ursprüngliche Friedhof der Bruderschaft blieb bis ins 19. Jahrhundert in Betrieb und umfasste mehr als 8.000 Leichen, etwa auch solche, die man im Tiber und in der Umgebung fand. Beim Bau der Tiberdämme wurde der Friedhof teilweise zerstört. Heute erinnert nur noch die Krypta der Kirche an seine einstige Existenz.
Santa Maria dell'Orazione e Morte
