La iglesia fue construida en el siglo XVI gracias a los recursos de la Compañía de la Oración y de la Muerte, que la dotó de un amplio cementerio dedicado a la sepultura cristiana de los cuerpos abandonadas. Cuando estaba naciendo esta cofradía, de hecho, no existía todavía un servicio público que se ocupara de dar una digna sepultura a quien no podía permitírselo.
El cementerio original de la Cofradía se mantuvo en funcionamiento hasta el siglo XIX, llegando a acoger más de ocho mil cuerpos que fueron recogidos del río y encontrados en los campos cercanos. Una parte fue destruida para edificar las murallas del Tiber y hoy, como testimonio de la antigua presencia, queda solamente la cripta en el subterráneo de la iglesia.
