La chiesa fu costruita nel XVI secolo grazie ai fondi della Compagnia dell’Orazione e della Morte, che la dotò anche di un ampio cimitero dedicato alla sepoltura cristiana delle salme abbandonate. Al tempo della nascita di questa confraternita, infatti, non vi era ancora un servizio pubblico che si occupasse di dare degna sepoltura a chi non poteva permetterselo.
L’originale cimitero della confraternita rimase in funzione fino all’Ottocento, arrivando ad accogliere più di ottomila corpi tra quelli raccolti nel fiume e trovati nelle vicine campagne. Venne distrutto in parte per edificare i muraglioni del Tevere e oggi, a testimonianza dell’antica presenza, rimane solamente la cripta nei sotterranei della chiesa.
