Questa chiesa fu realizzata grazie alla Confraternita del Suffragio, e creata con lo scopo di rivolgere preghiere in suffragio delle anime dei defunti.
La confraternita era nata nel 1592 presso la parrocchia di San Biagio della Pagnotta riconosciuta nel 1594 da papa Clemente VIII e poi trasformata in arciconfraternita da papa Paolo V.
In seguito, dato l’accrescimento del numero dei fedeli, si rese necessaria una nuova sede, e grazie alle donazioni dei fratelli e a un lascito del marchese Bartolomeo Ruspoli, vide la luce la chiesa di Santa Maria del Suffragio.
