All’epoca dell’imperatore Augusto la zona in cui oggi sorge la basilica era periferica e a carattere residenziale. Nel III secolo, infatti, qui fu edificata una residenza imperiale.
Quando Costantino trasferì la capitale a Costantinopoli, l’area rimase di proprietà della madre Elena che decise di trasformare una parte della residenza in cappella per la conservazione delle reliquie della Croce, rinvenute dalla sovrana stessa sul Monte Calvario durante il suo pellegrinaggio in Terra Santa, nel 325. Intorno alla cappella verrà poi edificata la basilica odierna.
Diversi furono i lavori di restauro e le modifiche nel corso dei secoli: fra questi in particolar modo si ricordano quelli effettuati dal cardinal Mendoza (1478-1495), durante i quali venne ritrovata una cassetta mortuaria nell’arco absidale della chiesa con all’interno il Titulus Crucis.
La basilica venne quindi pensata fin dall’inizio come un grande reliquiario, esistente per proteggere e conservare le preziose testimonianze della passione di Gesù. Verrà infatti detta “in Gerusalemme” proprio perché al suo interno, tra le altre, vi è della terra proveniente dal Monte Calvario posta alla base delle fondamenta.
