Nel '900 fu chiesa nazionale del Regno delle Due Sicilie. Alle origini era chiamata Santa Aura in strada Iulia e vi era annesso un monastero di monache. Nel 1572, ridotta ad un pessimo stato, venne affidata alla Confraternita dello Spirito Santo dei Napoletani che rase al suolo la struttura preesistente per costruirne una nuova dedicata proprio allo Spirito Santo, su disegno dell’architetto Domenico Fontana.