Desde el punto de vista simbólico, la Puerta Santa adquiere un significado particular: es el signo más característico, porque la meta es poder atravesarla. Su apertura por parte del Papa constituye el inicio oficial del Año Santo. Originalmente, solo había una puerta, en la Basílica de San Juan de Letrán, que es la catedral del obispo de Roma. Para que los numerosos peregrinos pudieran hacer este gesto, las demás Basílicas de Roma también ofrecieron esta posibilidad.
Al cruzar este umbral, el peregrino recuerda el texto del capítulo 10 del evangelio según san Juan: “Yo soy la puerta: quien entre por mí se salvará y podrá entrar y salir, y encontrará pastos”. El gesto expresa la decisión de seguir y de dejarse guiar por Jesús, que es el Buen Pastor. Por otra parte, la puerta es también un paso que conduce al interior de una iglesia. Para la comunidad cristiana, no es solo el espacio de lo sagrado, al cual uno se debe aproximar con respeto, con un comportamiento y una vestimenta adecuados, sino que es signo de la comunión que une a todo creyente con Cristo: es el lugar del encuentro y del diálogo, de la reconciliación y de la paz que espera la visita de todo peregrino, el espacio de la Iglesia como comunidad de fieles.
En Roma, esta experiencia adquiere un significado especial, por la referencia a la memoria de san Pedro y san Pablo, apóstoles que fundaron y formaron la comunidad cristiana de Roma y que, con sus enseñanzas y su ejemplo, son una referencia para la Iglesia universal. Aquí se encuentra su tumba, en el lugar donde fueron martirizados; junto con las catacumbas, es un lugar de continua inspiración.