En el siglo XVI comenzó la edificación de esta iglesia que, hasta nuestros días, custodia con cuidado el fragmento óseo del pie de santa María Magdalena.
Con el pasar del tiempo se volvió un punto de referencia para la comunidad de los florentinos presentes en la ciudad de Roma, sobre todo porque el primer párroco llamado a servir a esta comunidad, justamente por ser florentino, fue san Felipe Neri. Desde aquí, el santo comenzará a proyectar su iniciativa de la vida de los oratorios.
Para poder ser concluida, la estructura contó con el importante aporte de muchos de los más importantes artistas de la historia italiana, como por ejemplo Donato Bramante, Rafael Sanzio, Giuliano da Sangallo, Giacomo della Porta, además de Carlo Maderno con Francesco Borromini, a quienes se les reservaron dos sepulturas al interior de la iglesia.
