Budowę tego kościoła rozpoczęto w XVI wieku. Do dziś żywy jest w nim kult relikwii św. Marii Magdaleny.
Z czasem stał się on punktem odniesienia dla wspólnoty Florentyńczyków przebywających w Rzymie, głównie ze względu na postać pochodzącego z Florencji Św. Filipa Nereusza, pierwszego duchownego, powołanego do służby dla tej wspólnoty właśnie dlatego, że był on Florentyńczykiem. Z tego miejsca święty rozpoczął inicjatywę tzw. “Oratoriów”, a więc specjalnych miejsc gromadzących ludzi, szczególnie młodych, na wspólnej katechezie, modlitwie, ale również zabawie.
Ponadto, aby ukończyć budowę Bazyliki, istotny był wkład wielu najważniejszych artystów w historii Włoch, takich jak: Donato Bramante, Raffaello Sanzio, Giuliano da Sangallo, Giacomo della Porta, a także Carlo Maderno i Francesco Borromini.
