Nel XVI secolo iniziò l’edificazione di questa chiesa che ancora oggi custodisce con cura il frammento osseo del piede di santa Maria Maddalena.
Nel tempo è divenuta punto di riferimento per la comunità di fiorentini presenti nella città di Roma, soprattutto perché il primo parroco che venne chiamato a servizio di questa comunità, proprio perché fiorentino, fu San Filippo Neri. Da qui il Santo iniziò a ideare la sua iniziativa della vita degli oratori.
La struttura inoltre per essere terminata vide l’importante contributo di molti dei più importanti artisti della storia italiana come: Donato Bramante, Raffaello Sanzio, Giuliano da Sangallo, Giacomo della Porta, oltre a Carlo Maderno con Francesco Borromini, a cui sono state riservate due sepolture proprio all’interno dell’edificio.