A construção desta igreja começou no século XVI e ainda hoje guarda cuidadosamente o fragmento de osso do pé de Santa Maria Madalena.
Ao longo do tempo tornou-se um ponto de referência para a comunidade florentina presente na cidade de Roma, sobretudo porque o primeiro pároco chamado a servir esta comunidade, precisamente por ser florentino, foi San Filippo Neri. A partir daqui o santo começou a inventar sua iniciativa da vida dos oradores.
Além disso, para ser concluída, a estrutura contou com a importante contribuição de muitos dos artistas mais importantes da história italiana, como: Donato Bramante, Raffaello Sanzio, Giuliano da Sangallo, Giacomo della Porta, além de Carlo Maderno com Francesco Borromini, a quem dois enterros dentro do prédio.
