Ya en el siglo VIII las fuentes históricas recuerdan este lugar como una pequeña iglesia que papa Zacarías donó a la comunidad de las monjas basilianas que escaparon hacia oriente.
Solo a partir del año 1256 estarán a cargo de la iglesia los frailes dominicos y, probablemente, por más de 10 años el convento de Santa María sopra Minerva se mantuvo bajo el cuidado del convento dominico de Santa Sabina, el primero instituido en Roma, que a partir del año 1300 se convertirá en la realidad más importante presente en el Urbe.
Con la ocupación napoleónica, entre los años 1797 y 1814, el convento fue ocupado y utilizado como cuartel de infantería provocando grandes daños a la infraestructura, la que fue abandonada por los frailes alrededor del año 1810, después de la supresión de las órdenes religiosas. Ellos regresaron solo en 1825.
En el año 1871, el Estado italiano expropió definitivamente la iglesia y solo en 1929 concedió a los frailes solo el uso de algunos ambientes de la estructura.
Desde los tiempos de la Segunda Guerra Mundial, con la instauración de las relaciones diplomáticas entre la Santa Sede y Finlandia (1942), la comunidad finlandesa tomó como punto de referencia religiosa a esta basílica. De hecho, cada año, el 19 de enero, día de la fiesta de San Enrique de Uppsala, obispo y patrón de Finlandia, se celebra una solemne Misa en su honor en la Capilla Capranica donde se encuentra una estatua de madera que representa a San Enrique.
Al interior de la basílica se custodian, además de los restos mortales de Beato Angelico, proclamado patrón de los artistas por san Juan Pablo II en 1984, los de santa Catalina de Siena, que fue nombrada solemnemente doctora de la Iglesia en 1970 y que hasta hoy es patrona de Roma, Italia y Europa.
