Já no século VIII, fontes históricas mencionam uma pequena igreja neste local que o Papa Zaccaria doou à comunidade de freiras basilianas que fugiram do Oriente.
Só a partir de 1256 é que os Frades Pregadores se estabelecerão ali e provavelmente por mais de 10 anos o convento de Santa Maria sopra Minerva permaneceu sob a dependência do convento dominicano de Santa Sabina, o primeiro estabelecido em Roma, que a partir de 1300 se tornará realidade mais importante da cidade.
Com a ocupação napoleónica, entre 1797 e 1814, o convento foi requisitado e utilizado como quartel de infantaria causando grandes estragos na estrutura, que foi depois abandonada pelos frades por volta de 1810, após a extinção das ordens religiosas. Eles voltaram para lá apenas em 1825.
Em 1871 o Estado italiano expropriou definitivamente a igreja, e só em 1929 concedeu aos frades o uso de apenas algumas salas da estrutura.
Desde a Segunda Guerra Mundial, com o estabelecimento das relações diplomáticas entre a Santa Sé e a Finlândia (1942), a comunidade finlandesa tomou esta basílica como ponto de referência religioso. De fato, todos os anos, no dia 19 de janeiro, dia da festa de São Henrique de Uppsala, bispo e padroeiro da Finlândia, é celebrada uma missa solene em sua homenagem na Capela de Capranica, onde existe uma estátua de madeira de S. Henrique.
Por fim, no interior da basílica se conservam, além dos restos mortais do Beato Angélico, proclamado padroeiro dos artistas por São João Paulo II em 1984, também os de Santa Catarina de Sena, que se tornou solenemente doutora da Igreja em 1970 e hoje é a padroeira de Roma Itália Europa.
