A Basílica de Santa Cecília ergue-se sobre a antiga casa da Santa, martirizada por volta do ano 230 DC. Segundo a tradição, a mulher foi torturada durante três dias no calidário e, finalmente, decapitada por ter tentado converter vários membros de sua família ao cristianismo.
Os escritos contam que o Papa Urbano I, depois de testemunhar a tortura, deu ao corpo um enterro digno e consagrou a casa, transformando-a em uma igreja que, já no século VI, graças a San Gregorio Magno, tornou-se uma primitiva basílica.
Na cripta é venerado o corpo da Santa que, segundo a tradição, foi encontrada nas catacumbas de São Calisto pelo Papa Pascoal I, depois que Santa Cecília lhe apareceu em sonho indicando o local exato de sua sepultura. Assim, o Papa consagrou uma nova igreja em 821, erguendo-a para substituir a anterior.
Além disso, em 1599, quando o cardeal Sfondrati mandou abrir o túmulo de Santa Cecília, o corpo da mulher foi milagrosamente encontrado intacto, vestido de branco e com feridas no pescoço. Assim, Stefano Maderno foi incumbido da tarefa de criar uma estátua de mármore, reproduzindo a posição exata em que o corpo foi encontrado.
