All’interno della basilica sono conservati tutt’oggi i resti di san Cirillo (particolarmente caro alla comunità della Repubblica Ceca) e Metodio, fratelli originari di Salonicco, che nell’863 dopo aver tradotto i testi liturgici slavi erano giunti a Roma per l’approvazione da parte di papa Adriano II.
Poco dopo il viaggio san Cirillo si ammalò ma decise comunque di entrare nel monastero di monaci greci presso la basilica di Santa Prassede dove però morì nell’869, all’età di 42 anni. Il fratello Metodio, infine, riuscì ad ottenere il permesso di seppellire le spoglie del Santo presso la basilica di San Clemente, in modo tale che il fratello avesse potuto riposare accanto a papa Clemente le cui reliquie aveva portato a Roma.
La chiesa attuale, fu edificata verso il XII secolo sopra delle fondazioni di diversi edifici che nei secoli si erano accavallati l’uno sull’altro a partire dal primo livello che risale al II secolo d.C.
