大殿内至今仍保存着圣西里尔（San Cirillo，捷克侨团特别崇敬的圣人）和圣美多德（Methodius）的遗体，他们是来自萨洛尼卡（Salonicco）的兄弟。 863年，在翻译了斯拉夫的礼仪文本后，他们前往罗马寻求教宗阿德里亚努斯二世的批准。
旅程后不久，圣西里尔就病倒了，但还是决定进入圣巴西德圣殿（Basilica di Santa Prassede）的希腊隐修士修道院，并于869年在那儿去世，享年42岁。他的弟弟圣美多德最终设法获得许可，将圣人的遗体埋葬在圣格肋孟圣殿，这样他的弟弟就可以在教宗格肋孟（ papa Clemente）身边安息，圣格肋孟的圣髑正是他带到罗马的。
当今的教堂大约建于12世纪，建在几个世纪以来相互重叠的建筑物的地基之上，其中第 一层可以追溯到公元2世纪。
