这座教堂的建立可以追溯到6世纪末的圣大额我略(San Gregorio Magno),最初存放着一个显灵的圣母与圣婴和两个天使的画像,被称为「小谷圣母」(Madonna della Vallicella)。有两个奇迹归功于她。14世纪时,这幅壁画被放置在一个公共澡堂外,在被石头击中后,它开始流血,从而成为人们敬礼的对象。然而,在1535年,当中世纪的教堂被拆除时,圣母施行了第二个奇迹,她避免了参加弥撒的信徒们被部分坍塌的屋顶砸到。
直到1574年,这个显灵的画像才被拆下,放在了新堂的正祭台上。
此教堂也与圣斐理·乃立(San Filippo Neri)的形象有特别的关系,感谢教宗额我略十三世(papa Gregorio XIII)在1575年7月15日发布的教宗诏书《充满慈悲的天主》( Copiosus in misericordiae Deus),在司铎祈祷会成立后将教堂委托给他们管理。
1873年,该建筑被意大利王国的国家财产局征用和没收,后来又被共和国征用。直到1905年6月1日,感谢教宗庇护十世(Pio X)和宗座宪章《我们城市的灵魂》(Almae Urbis nostrae),教堂才再次成为堂区并委托给圣斐理·乃立司铎祈祷会(Confederazione dell’Oratorio di San Filippo Neri)管理。