À l'intérieur de la basilique sont encore conservés les restes de saint Cyrille (particulièrement cher à la communauté de la République Tchèque) et de saint Méthode, frères originaires de Thessalonique, qui en 863 après avoir traduit les textes liturgiques slaves vinrent à Rome pour l'approbation du pape Adrien II.
Peu de temps après le voyage, Saint Cyrille tomba malade mais décida néanmoins d'entrer au monastère de moines grecs de la basilique de Saint Praxède où il mourut cependant en 869, à l'âge de 42 ans. Son frère Méthode réussit à obtenir la permission d'enterrer la dépouille du saint dans la basilique de Saint Clément, afin que son frère puisse reposer à côté du pape Clément dont il avait apporté les reliques à Rome. L'église actuelle a été construite vers le XIIe siècle sur les fondations de divers édifices qui au fil des siècles s'étaient superposés les uns sur les autres à partir du premier niveau qui remonte au IIe siècle de notre ère.
