لا يزال محفوظًا حتّى اليوم داخل الكنيسة، بقايا رفات القدّيسين كيرلُّس (العزيز على قلب الجماعة التشيكيّة)، وميتوديو، الأخوين اللذين أصلهما من سالونيك (تسالونيكي سابقًا)، اللذين بعد ترجمة النصوص الليتورجيّة السلافيّة، وصلوا إلى روما في العام 863، للحصول على موافقة البابا أدريانوس الثّاني.
بعد السّفر بوقت قصير، مرض القدّيس كيرلُّس. لكنّه مع ذلك، قرّر دخول دير الرهبان اليونانيين الموجود في بازيليكا القدّيسة بريسّيدي (Santa Pressede) حيث توفّي في العام 869 عن عمر يناهز 42 عامًا. تمكن بعدها أخيرًا، أخوه ميتوديو، من الحصول على إذن دفن رفات القدّيس في بازيليكا القدّيس إكليمنضوس، بطريقة يستطيع فيها شقيقه الاستراحة بجوار البابا إكليمنضوس الَّذي كان قد سبق وأن أحضر رفاته إلى روما.
تمّ بناء الكنيسة الحاليّة حوالي القرن الثّاني عشر، فوق أساسات العديد من الكنائس الّتي تداخلت على مرّ العصور، الواحدة فوق الأخرى، بدءًا من المستوى الأوّل الّذي يعود تاريخه إلى القرن الثّاني بعد المسيح.
