La chiesa fu costruita nel 422 da Pietro d’Illiria un sacerdote della Dalmazia, che scelse come luogo di fondazione la casa della nobile romana Sabina, poi divenuta santa.
Nel 1219 papa Onorio III concesse la chiesa e parte del palazzo a S. Domenico di Guzman, fondatore dell’Ordine dei Domenicani, che da allora ne hanno fatto il loro quartier generale e luogo di importante riferimento per la comunità estone, data la storica presenza della famiglia domenicana presso Tallin, capitale dell’Estonia.
Nel 1587 la basilica subì delle modifiche sostanziali da parte dell’architetto Domenico Fontana per incarico di papa Sisto V, modifiche che ben presto furono smantellate, a favore della rimessa in luce dell’antico nucleo medievale.