Die Kirche wurde 422 von Petrus von Illyrien, einem Priester aus Dalmatien, erbaut. Dieser wählte das Haus der römischen Adeligen Sabina, die später heiliggesprochen wurde, als Gründungsort.
Im Jahr 1219 schenkte Papst Honorius III. die Kirche und einen Teil des Gebäudes dem heiligen Dominikus von Guzman, dem Gründer des Dominikanerordens. Dieser machte sie von da an zu seinem Hauptsitz und zu einem wichtigen Bezugspunkt für die estnische Gemeinschaft, da die Dominikanerfamilie seit jeher in der Nähe von Tallinn, der Hauptstadt Estlands, ansässig ist.
Im Jahr 1587 wurde die Basilika auf Geheiß von Papst Sixtus V. durch den Architekten Domenico Fontana grundlegend umgebaut, wobei diese Veränderungen bald wieder rückgängig gemacht wurden, um den früheren mittelalterlichen Kern zu restaurieren.