La iglesia fue construida en 422 por Pedro de Iliria, sacerdote de Dalmacia, quien eligió como lugar de fundación la casa de la noble romana Sabina, que más tarde se convertiría en santa.
En 1219, el Papa Honorio III concedió la iglesia y parte del edificio a Santo Domingo de Guzmán, fundador de la Orden de los Dominicos, convirtiéndose desde ese momento en su sede y en un importante lugar de referencia para la comunidad estonia, dada la presencia histórica de la familia dominica cerca de Tallin, capital del país estonio.
En 1587, la basílica fue objeto de importantes reformas por parte del arquitecto Domenico Fontana a instancias del Papa Sixto V, reformas que pronto fueron desmanteladas en favor de la restauración del antiguo núcleo medieval.