Kościół został zbudowany w 422 roku przez Pietro D'Illirię, dalmatyńskiego księdza, który jako miejsce wzniesienia świątyni wybrał dom rzymskiej szlachcianki Sabiny, która później została świętą.
W 1219 roku papież Honoriusz III przekazał kościół i część pałacu w ręce św. Dominika Guzmana, założyciela Zakonu Dominikanów, którzy od tamtego momentu uczynili z niego swoją siedzibę i ważny punkt odniesienia dla społeczności estońskiej, biorąc pod uwagę historyczną obecność rodziny dominikańskiej w Tallinie, stolicy Estonii.
W 1587 roku bazylika została poddana znacznym modyfikacjom przez architekta Domenico Fontanę na zlecenie papieża Sykstusa V.