A igreja foi construída em 422 por Pietro D'Illiria, um padre dálmata, que escolheu a casa da nobre romana Sabina, que mais tarde se tornou uma santa, como local de fundação.
Em 1219, o Papa Honório III concedeu a igreja e parte do palácio a S. Domenico di Guzman, fundador da Ordem Dominicana, que desde então fez dela a sua sede e um importante ponto de referência para a comunidade estoniana, dada a presença histórica do Família dominicana em Tallinn, capital da Estônia.
Em 1587 a basílica sofreu modificações substanciais por parte do arquiteto Domenico Fontana por conta do Papa Sisto V, modificações que logo foram desmanteladas, em favor de trazer de volta à luz o antigo núcleo medieval.