Einer alten Überlieferung zufolge wurde die Kirche an dem Ort gegründet, an dem der Apostel Paulus in Rom weilte. Sie wurde zunächst in ein Oratorium und dann im 4. Jahrhundert in eine Kirche umgewandelt. Erst 1594 wurde sie der Obhut der Augustinerordensbrüder übergeben, die sie jedoch 1619 an den Dritten Orden des Heiligen Franziskus von Sizilien übergaben, der dort ein "Collegium Siculum" einrichtete.
Seit 2014 ist diese Kirche zu einem Bezugspunkt für die bulgarisch-orthodoxe Gemeinschaft geworden, dank der Konzession des Vikariats von Rom, die es ihnen erlaubt, die Sonntagsliturgie an diesem heiligen Ort zu feiern.
