Tradicionalmente, la iglesia debe su nombre a la imagen de la Virgen María que forma su escudo (la Santísima Virgen entre dos almas).
Surge en el 1350 gracias a la contribución de Johannes y Katharina Peters de Dordrecht, que compraron tres casas y las convirtieron en hospicio privado para la acogida de peregrinos durante el Jubileo de ese mismo año. La fachada, obra de Andrea Sansovino, fue construida en estilo renacentista italiano y terminada por Giuliano da Sangallo.
Más tarde, el 21 de mayo de 1406, el papa Inocencio VII, con la bula Piae Postulatio, declaró el hospicio exento de toda jurisdicción excepto la del papado, y lo tomó bajo su protección inmediata.
La iglesia se convirtió pronto en un punto de referencia para los peregrinos de habla alemana gracias, sobre todo, a su estrecha relación con la familia Habsburgo de Austria, cuya águila bicéfala aparece con frecuencia en el programa figurativo.
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