À l'origine, l'église a pris le nom de “Trinité des Monts” en référence très probablement à la colline romaine sur laquelle elle se dresse, le Pincio. Les travaux de construction du premier édifice furent achevés en 1585, avec la consécration par le pape Sixte V. Il avait également confié au célèbre architecte Domenico Fontana le projet de construction d'une route qui relierait cette église à Sainte Marie Majeure. Fontana, compte tenu de la différence de hauteur créée par les travaux de déblaiement, s'est également occupé de la conception de l'escalier monumental à deux volées qui garantit encore aujourd'hui l'accès à l'Eglise.
À côté de l'Eglise se dresse le couvent fondé par Francesco di Paola en 1494, grâce au financement reçu de la couronne de France pour accueillir les religieux français de l'Ordre des Minimes ces années-là.
