L'église fait partie d'un grand ensemble immobilier qui comprend la maison où Sainte Brigitte de Suède vécut à partir de 1350 avec sa fille Sainte Catherine. À sa mort en 1373, l’édifice fut confié au monastère suédois de Vadstena.
Cependant, lorsque la Suède a embrassé la foi luthérienne vers 1500, la relation avec le monastère se dégrada et le complexe a été occupé par Olao Magno, archevêque d'Uppsala en exil.
Par la suite, l'église et le complexe changèrent plusieurs fois de gestion, par exemple, en 1589, le pape Sixte V les a donnés à Sigismond III Vasa, roi de Pologne et roi catholique de Suède, ou encore, de la fin du XXe siècle jusqu'en 1931, il passa aux carmélitaines de Mère Edwige Wielhorski, pour être ensuite définitivement attribuée aux sœurs brigidines par concession du pape Pie XI.
Chacun de ces propriétaires effectua diverses restaurations et modernisations tant de l'église que des espaces liés à la vie de Sainte Brigitte.
À ce jour, l'église reste l'église nationale des Suédois.
