Kościół jest częścią dużego kompleksu budynków, obejmującego dom, w którym św. Brygida Szwedzka mieszkała od 1350 roku ze swoją córką św. Katarzyną. Po jej śmierci w 1373 roku budowlę powierzono szwedzkiemu klasztorowi „Vadstena”.
Kiedy jednak około 1500 roku Szwecja przyjęła wyznanie luterańskie, stosunki z klasztorem popsuły się, a kompleks zajął Olaus Magnus, arcybiskup Uppsali przebywający na wygnaniu.
Kościół i kompleks wokół kilkakrotnie zmieniały zarząd, m.in. w 1589 roku papież Sykstus V przekazał je Zygmuntowi III Wazie, królowi Polski i katolickiemu królowi Szwecji, a pod koniec XX wieku do 1931 roku przeszedł w ręce karmelitów Matki Jadwigi Wielhorskiej, by następnie na mocy koncesji papieża Piusa XI zostać ostatecznie przydzielony Siostrom Brygidkom.
Każdy z tych właścicieli przeprowadzał różnego rodzaju renowacje i modernizacje zarówno kościoła, jak i pomieszczeń związanych z życiem św. Brygidy.
Do dzisiaj kościół pozostaje narodowym kościołem Szwedów.
