La chiesa di Santa Prisca sorge nell’area dove la tradizione situa la presenza del più antico culto cristiano dell’Aventino. Si tratta del “titulus Aquilae et Priscillae“, i genitori di Santa Prisca, battezzata da San Pietro all’età di tredici anni e martire del I secolo. La stessa tradizione indica in questo luogo le tracce dei due apostoli San Pietro e San Paolo.
Nel III secolo, durante il pontificato di papa Eutichiano, fu ritrovato il corpo di santa Prisca e il luogo di culto venne dedicato a lei. Secondo l’agiografia, santa Prisca, durante l’impero di Claudio, venne incarcerata per essersi rifiutata di venerare il dio Apollo. A causa della sua incorruttibile fede, venne fatta fustigare e poi condannata a morte tra le belve nel Circo Massimo. Per miracolo, però, i leoni le si prostrarono ai piedi. In seguito la santa fu gettata nel rogo, ma anche le fiamme la lasciarono illesa. Per ucciderla allora la condussero al decimo milliario della via Ostiense e la decapitarono.
La “domus Priscae” è conosciuta come uno dei più importanti centri cristiani. Dopo vari restauri, uno dovuto anche alla devastazione causata dai Normanni di Roberto il Guiscardo nel 1084, nel 1599 acquisì l’aspetto che si può vedere oggi.