أمر الإمبراطور قسطنطين بهذه البازيليكا في القرن الرابع بعد الميلاد، وأطلق عليها اسم البازيليكا الرسوليّة (Basilica Apostolorum) تكريماً للرسولين بطرس وبولس، اللذين تم الاحتفاظ بذخائرهما المقدسة في هذه الكنيسة لمدة خمسين عامًا تقريبًا عندما بدأت اضطهادات فاليريانوس، في القرن الثالث الميلادي.
لاحقًا، تم تغيير العنوان إلى كنيسة القدّيس سيباستيان، تكريمًا للجندي الذي استشهد في زمن اضطهاد ديوكلتيانوس، والذي قد حرّكت رفاته المحفوظة في السراديب القريبة، العبادة المخصصة له بقوة أكبر من أي وقت مضى.
حوّلها لاحقًا البابا إكليمنضوس الحادي عشر إلى رعيّة، في العام 1714، وعَهِدَ بها إلى رعاية الرهبان السيسترسيين. في العام 1826، سلمها البابا لاون الثاني عشر إلى كهنة رهبنة الإخوة الأصاغر، الذين ما زالوا يخدمونها حتى اليوم.
أخيرًا، في 3 أيار 1957، أعلن البابا بيوس الثّاني عشر القدّيس سيباستيان شفيعًا لشرطة المرور في إيطاليا. حتى اليوم، في 20 كانون الثاني من كل عام، عيد القدّيس سيباستيان، يحتفل فيلق شرطة العاصمة روما بعيد القديس من خلال احتفال رسمي.
