Die Kirche ist eine religiöse Anlaufstelle für die portugiesische Gemeinde in Rom. Sie wurde im Jahr 1445 von Kardinal Antonio Martinez de Chaves gegründet. Man errichtete sie während des Pontifikats von Urban V. im Jahr 1367 an der Stelle eines Hospizes, das die Adelige Guiomar von Lissabon zur Aufnahme von Pilgern aus Portugal gegründet hatte.
Die Kirche wurde dann unter den Schutz des portugiesischen Botschafters beim Heiligen Stuhl gestellt, der die Erweiterung der ursprünglichen Kapelle beschloss. Er vertraute sie 1638 Martino Longhi dem Jüngeren an, der 1674 von Carlo Rainaldi abgelöst wurde.
Nach der Besetzung Roms durch Napoleon wurden die Kirche und das Hospiz geschlossen und 1799 versteigert. Der Besitz ging 1814 an die portugiesische Regierung zurück, die das Gebäude nach umfangreichen Restaurierungsarbeiten 1842 wieder für Gottesdienste öffnete.